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Claudia Agnini ha conseguito la laurea in Scienze Geologiche presso Università degli Studi di Padova nel 2003 con una tesi focalizzata sulla biostratigrafia a nannofossili calcarei alla transizione Paleocene - Eocene. Dal 2004 al 2007 ha svolto il dottorato di Ricerca presso il Dipartimento di Geoscienze dell'Università degli Studi di Padova interessandosi di biocronologia e significato paleoambientale dei nannofossili calcarei del Paleogene inferiore. Dal 2007 al 2008 è stata titolare di Assegno di Ricerca (rinnovato) presso il Dipartimento di Geoscienze dell'Università degli Studi di Padova per lo studio delle interazioni fra i cambiamenti globali ed l'evoluzione del nannoplankton calcareo durante l'Eocene.Dal 2008 al 2014 ha ricoperto il ruolo di ricercatore universitario presso il Dipartimento di Geoscienze dell'Università degli Studi di Padova, settore scientifico disciplinare GEO/01. Da dicembre 2014 è Professore Associato presso la stessa Università. Dal 2018 è Coordinatore del Corso di Dottorato in Geosciences

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