Dario Generali ha concentrato la sua attività di ricerca sulla circolazione del sapere scientifico in età moderna attraverso i periodici eruditi e i carteggi; sull'illustrazione del dibattito relativo alle scienze della vita nell'Italia fra Sei e Settecento, sui suoi protagonisti e sul contesto in cui si mossero ed operarono; sui modelli di ricostruzione storica della scienza; sul lavoro ecdotico dell'opera di Antonio Vallisneri, della cui Edizione Nazionale, che ha sede presso l'ISPF-CNR, è coordinatore scientifico. È socio corrispondente dell'Académie Internationale d'Histoire des Sciences e socio effettivo del Centro di Studi Muratoriani di Modena e dal 2011 è membro del Comitato scientifico del "Centro Internazionale Insubrico 'Carlo Cattaneo' e 'Giulio Preti'" dell'Università degli Studi dell'Insubria.