Su Nucleic Acids Research è stata pubblicata una ricerca, targata università di Padova, che spiega come Fido-Snp sia il primo web server a poter determinare la presenza di una mutazione genetica, potenzialmente pericolosa, nel Dna del cane. Questo permette di essere informati sulla predisposizione del proprio animale da compagnia allo sviluppo di malattie, come il tumore. Infatti, le mutazioni del Dna, note come polimorfismi, sono responsabili della maggior parte delle differenze fra i viventi, incluse le diverse propensioni allo sviluppo di malattie o le varie risposte ai farmaci.
La dott.ssa Ludovica Montanucci ha spiegato che è stato utilizzato un algoritmo di machine learning attraverso il quale si è potuta integrare la dettagliata conoscenza delle mutazioni associate a malattie nell’uomo con le informazioni disponibili nel cane. Essendo due specie diverse, per avere dei buoni risultati è stato necessario sfruttare l’informazione evolutiva ottenuta dal confronto dei genomi di un totale di 100 specie di mammiferi. Grazie a questo approccio innovativo e integrato, Fido-Snp è in grado di predire l’effetto (benigno o dannoso) delle mutazioni nel cane. Il sistema è molto accurato nelle sue predizioni, l'efficacia è paragonabile a quella che si ottiene per le mutazioni del genoma umano, nonostante le evidenze sperimentali sulla genomica del cane siano molto ridotte.
Il risultato positivo del metodo utilizzato consentirà di applicare lo stesso anche ad altre specie da compagnia o di animali da reddito. Ma non finisce qui: avendo dimostrato le sue enormi potenzialità, ci si prepara a usare questo approccio integrato anche nella direzione opposta, ovvero dal cane all’uomo, soprattutto perché alcune malattie, come i linfomi, presentano una clinica molto simile nelle due specie.
“ Questo progetto dimostra il ruolo imprescindibile che ha ormai assunto la computazione nella ricerca in biomedicina
La ricerca, finanziata dal dipartimento di Biomedicina comparata e alimentazione dell’università di Padova, ha visto la collaborazione dei team dell’università di Padova e di Bologna, avvalendosi anche delle risorse computazionali di Biodec un’azienda di bioinformatica attiva sul territorio italiano.
